Dans la pays d'Amestris, l'alchimie est élevé au rang de science universelle. Deux jeunes frères, Alphonse et Edward Elric, ont tenté de ramener leur mère à la vie grâce à l'alchimie, bravant la loi qui interdit formellement la transmutation humaine. Leur échec leur coûte très cher, Alphonse perd un bras et une jambe tandis qu'Edward perd tout son corps, ne gardant que son âme, réintroduite dans une armure. Les deux frères se lancent alors dans une épopée à la recherche de la pierre philosophale, qui leur permettra peut être de récupérer ce qu'ils ont perdu...