Dans cette 3ème saison, Sydney réintègre la CIA après avoir disparu pendant 2 ans. Beaucoup de choses ont changé pendant son absence : Vaughn s'est marié et a quitté la CIA, Jack Bristow a été emprisonné par le Conseil National de Sécurité et Dixon est le nouveau patron de la CIA. Un nouveau groupe terroriste menace la sécurité du monde,le Covenant, qui se passionne à son tour pour les inventions de Rambaldi.